北京大學-統計基因組與遺傳流行病學、功能與單細胞多組學/AI 方向誠聘博士後

簡介

課題組致力於解析人類疾病的遺傳學基礎。

課題組運用統計基因組學、大型隊列、遺傳流行病學、實驗生物學和深度學習等多學科方法,整合單細胞多組學及功能基因組學,解析人類疾病(包括眼科疾病、神經精神類疾病等)的遺傳基礎和分子機制,揭示疾病發生、發展、轉化的複雜過程,識別關鍵生物標誌物,發掘潛在藥物干預靶點,爲疾病的早期篩查、風險預測、治療及預後評估等提供精準化方案。

主要相關研究領域:

1)結合遺傳流行病學、統計基因組學與進化基因組學等方法,解析疾病的遺傳學基礎。

2)採用單細胞多組學、功能基因組學等方法與前沿技術,探究疾病從遺傳到表觀遺傳、從基因到蛋白表達、從細胞到組織器官的多層次信息調控機制。

3)深度學習在基因組學與健康醫療大數據中的方法及應用。

4)主要研究疾病領域:眼科疾病(青光眼,視黃斑變性等)、神經精神類疾病、呼吸系統疾病等。

合作導師介紹

韓西坤,2024 年加入北京大學流行病與衛生統計學系,研究員、博士生導師、北京大學博雅青年學者、國家青年人才項目(海外)。

先後於中山大學、北京協和醫學院 (導師:顧東風院士)、澳大利亞昆士蘭大學/昆士蘭醫學研究所(統計遺傳學方向,博士導師:Stuart MacGregor 教授【澳大利亞 Health&Medical Sciences 院士】)完成本科到博士階段的學習。在哈佛大學公共衛生學院流行病系,遺傳流行病與統計遺傳學項目(導師:Liming Liang 教授);麻省理工學院計算機與人工智能實驗室,Broad Institute of MIT and Harvard,計算生物學組(導師:Manolis Kellis 教授)完成博士後研究。

獲國家青年人才項目(海外)、美國人類遺傳學會研究獎(Charles J. Epstein Trainee Research Award)- semifinalist 、澳大利亞 CSL Florey Next Generation Award - finalist、國家優秀自費留學生獎學金等。

研究成果以第一/通訊作者發表於 Nature Genetics(2 篇, 獨立通訊), American Journal of Human Genetics, Cell Genomics, JAMA Ophthalmology (3 篇), Cell Reports Medicine, BMC Medicine, European Journal of Epidemiology, International Journal of Epidemiology, Human Molecular Genetics 等期刊。

先後受邀爲幾十個國際期刊審稿,包括 Nature Genetics, Cell Genomics, American Journal of Human Genetics, Cell Reports, Nature Communications, Ophthalmology, JAMA Ophthalmology, BMC Medicine, European Journal of Epidemiology 等。

代表性研究包括:1)基於大腦組織單細胞多組學,探究神經精神類疾病的功能基因組學基礎(Nature, under review, first author);2)基於多組學、功能基因組學,鑑定潛在的青光眼基因藥物靶點 (Nature Genetics 2023);3)整合大型隊列遺傳學,鑑定青光眼易感位點,系統評價遺傳風險預測模型及臨牀應用價值 (Nature Genetics 2020);4)採用深度學習、大規模影像學、基因組學,進行跨種族遺傳學研究 (American Journal of Human Genetics 2021)。

崗位:博士後(計算或實驗方向)

招聘人數:2 名

崗位職責:

1)與導師合作,提出科學問題、開展課題研究;

2)計算方向主要課題:a) genetics and single cell genomics; b) AI in genomics and healthcare;

3)實驗方向:開展分子遺傳學、功能基因組學等相關研究,採用細胞/動物模型、單細胞多組學、空間組學、organoid、iPSC、MPRA、CRISPR 等技術,探究疾病遺傳調控機制。

應聘條件(滿足以下之一):

1)已取得或即將取得博士學位,有志於從事科學研究,學習能力較強,良好的溝通能力和合作精神;

2)對統計基因組學、深度學習、計算生物學、功能基因組學,或腦科學、神經精神類疾病、眼科學等方向的科研工作有興趣。

3)計算方向:具有計算機、統計學、生物信息學、流行病與衛生統計學、遺傳學等計算背景。熟悉常用統計或深度學習方法(VAE/CNN/transformer/diffusion model 等),熟悉至少一門編程語言(Python/R 等) 及 Linux 系統操作等。

4)實驗方向:具有分子生物學、生物化學和生物醫學相關實驗學科背景(眼科學、神經生物學優先);熟悉以下之一:細胞/動物模型、單細胞多組學、空間組學、organoid、iPSC、MPRA、CRISPR 等。課題組將爲實驗背景的同學提供計算方向的科研培訓。

崗位待遇

博士後申請者薪酬福利請參考:

https://postdocs.bjmu.edu.cn/tzgg/index.htm

全力協助申報博士後相關項目; 根據研究興趣,全力協助實現職業發展規劃。

應聘程序

請將應聘材料發送至 genetics.genomics.lab@gmail.com,郵件標題請註明「應聘-崗位 (如博士後)-姓名」。

應聘材料

個人簡歷(包括學習工作經歷、主要研究工作內容、論文論著清單、成績單、獲獎情況、科研興趣及未來研究計劃)及其他有借鑑意義的材料。請將材料合併爲一個 PDF。

其他說明

1)本招聘長期有效。

2)郵件若一週內未回覆,請再次提醒。符合要求申請者將會盡快安排面試。

3)歡迎對課題組研究方向感興趣的本科生、碩士、博士、訪問學者合作交流。

部分發表論文列表

« †joint first author, *corresponding author »

Han X†*, Gharahkhani P†, Hamel AR, Ong JS, …, Hewitt AW, Craig JE, Pasquale LR, Mackey DA, Wiggs JL, Khawaja AP, Segrè AV, MacGregor S. Large scale multi-trait genome-wide association analysis identifies hundreds of glaucoma risk loci. Nature Genetics. 2023; 55(7):1116-1125

Craig JE†, Han X†*, Qassim A†, Hassall M, …, Wiggs JL, Hewitt AW, MacGregor S. Multitrait analysis of glaucoma identifies new loci and enables effective polygenic risk score prediction of disease susceptibility, progression. Nature Genetics. 2020; 52(2):160-166.

Han X*, Steven K, Qassim A, Marshall HN, Bean C, Tremeer M, An J, Siggs OM, Gharahkhani P, Craig JE, Hewitt AW, Trzaskowski M, MacGregor S. Automated AI labelling of optic nerve head enables new insights into cross-ancestry glaucoma risk and genetic discovery in >280,000 images from UKB and CLSA. American Journal of Human Genetics. 2021; 108(7):1204-1216.

Li C, Chen K, Fang Q, Shi S, Nan J, He J, Yin Y, Li X, Li J, Hou L, Hu X, Kellis M, Han X*, Xiong X*. Crosstalk between epitranscriptomic and epigenomic modifications and its implication in human diseases. Cell Genomics. 2024, doi: 10.1016/j.xgen.2024.100605.

Han X*, Lains I, Li J, Li J, Chen Y, Yu B, Qi Q, Boerwinkle E, Kaplan R, Thyagarajan B, Daviglus M, Joslin CE, …, Miller J, Hu F, Willett W, Lasky-Su J, Kraft P, Richards JB, MacGregor S, Husain D, Liang L. Integrating genetics and metabolomics from multi-ethnic and multi-fluid data reveals putative mechanisms for age-related macular degeneration. Cell Reports Medicine. 2023;4(7):101085.

Han X*, Hewitt AW, MacGregor S. Predicting the future of genetic risk profiling of glaucoma: a narrative review. JAMA ophthalmology. 2021;139(2):224-231.

Han X†, Souzeau E†, Ong JS, An J, Siggs OM, Burdon KP, …, Hewitt AW, Gharahkhani P, Craig JE, MacGregor S. Myocilin Gene Gln368Ter Variant Penetrance and Association With Glaucoma in Population-Based and Registry-Based Studies. JAMA Ophthalmology. 2019; 137(1):28-35.

Han X*, Gharahkhani P, Mitchell P, Liew G, Hewitt AW, MacGregor S. Meta-analysis of genome-wide association studies identify novel genes for age-related macular degeneration. Journal of Human Genetics. 2020; 65(8):657-665.

Han X*, Ong JS, Hewitt AW, Gharahkhani P, MacGregor S. The effects of eight serum lipid biomarkers on age-related macular degeneration risk: a Mendelian randomization study. International journal of epidemiology. 2021; 50(1):325-336.

Han X*, Liang L*. metabolomicsR: a streamlined workflow to analyze metabolomic data in R. Bioinformatics Advances. 2022; 2(1):vbac067.

« co-author »

Daniszewski M, Senabouth A, Liang LH, Han X, Lidgerwood GE, Hernández D, …, Mackey DA, Craig JE, MacGregor S, Powell JE, Pébay A, Hewitt AW. Retinal ganglion cell-specific genetic regulation in primary open angle glaucoma. Cell Genomics 2022, 2, 100142.

Senabouth A, Daniszewski M, Lidgerwood GE, Liang HH, Hernández D, Mirzaei M, Keenan SN, Zhang R, Han X, Neavin D, Rooney L,… , Mackey DA, Bylsma G, Verma N, MacGregor S, Watt MJ, Guymer RH, Powell JE, Hewitt AW, Pébay A. Transcriptomic and proteomic retinal pigment epithelium signatures of age-related macular degeneration. Nature Communications. 2022 26;13(1):4233.

Gharahkhani P., Jorgenson E., Hysi P., Khawaja A.P., Pendergrass S., Han X, Ong J.S., Hewitt A. W., …, Mackey D.A., Kubo M., Aung T., Craig J. E., MacGregor S., Wiggs J. L.. Genome-wide meta-analysis identifies 127 open-angle glaucoma loci with consistent effect across ancestries. Nature Communications. 2021;12(1):1258.

Ong JS, An J, Han X, Law MH, Nandakumar P, …, Gharahkhani P, Kendall BJ, MacGregor S. Multitrait genetic association analysis identifies 50 new risk loci for gastro-oesophageal reflux, seven new loci for Barrett’s oesophagus and provides insights into clinical heterogeneity in reflux diagnosis. Gut. 2021; gutjnl-2020-323906.

MacGregor S, Ong JS, An J, Han X, Zhou T, Siggs OM, …, Mackey DA, Gharahkhani P, Craig JE, Hewitt AW. Genome-wide association study of intraocular pressure uncovers new pathways to glaucoma. Nature Genetics. 2018; 50(8):1067-1071.